Você precisa verificar a configuração da numeração de lista "multinível" para os estilos do Apêndice em seu documento. De sua captura de tela, suspeito que eles tenham sido configurados no mesmo estilo de numeração de lista que sua numeração de cláusula principal.
Se você quer que eles apareçam com o Apêndice A no nível principal, você precisa ter dois estilos de lista separados - um para a numeração da cláusula (de modo que seria o seu 1., 1.1, e quaisquer outros níveis mais baixos, por exemplo a), (i) etc) e, em seguida, crie um estilo de lista separado para a numeração do seu Apêndice.
No segundo estilo de lista, você teria o estilo do Apêndice A anexado ao nível 1, o estilo da A.1 anexado ao nível 2 e o estilo da A.1.1 anexado ao nível 3, etc (atualmente seu estilo Apêndice A é anexado a um nível inferior no esquema de numeração, e é por isso que aparece na caixa de diálogo de referência cruzada recuada - reflete o nível de numeração anexado).