Infelizmente, não posso deixar um comentário para esclarecer antes de lhe dar uma resposta devido a restrições de reputação da comunidade.
Você não disse se sua alteração estava no seu PC ou notebook. Se não estava no seu caderno, esta resposta não se aplica.
Eu tive o mesmo problema quando especificamente usado meu HDD como unidade secundária dentro de um Caddy para meu DELL Inspiron Notebook 5421, usando a porta SATA secundária usada antes pela unidade de CD-ROM conectada ao caddy com o HDD.
Nesse caso, sempre houve um problema no caddie. Então eu encontrei na internet um geek maluco que encontrou um problema em um pino do caddy, e ele disse para cortar o pino. Quando fiz isso, o problema foi resolvido.
Outro sintoma foi o uso de 100% de um núcleo da minha CPU por um serviço de IRQ do Windows.
Ambos os problemas (ruídos do HDD e uso da CPU) não aconteceram usando o Linux.
Mais uma vez, por favor, ignore se isso não se aplica ao seu caso. No meu caso estava em um notebook usando o HDD na porta do CD-ROM.