As transferências podem / serão compactadas antes do envio ( camada 6 OSI ).
Meu palpite seria que (neste caso) o .gz não é tão compactado quanto o .zip, então a compressão de transferência funciona melhor no .gz do que no .zip, fazendo com que pareça baixar mais rápido.
Para testar: Faça um arquivo Zip de 10MB e um arquivo de texto de 10MB e faça o download dos dois. Espero que o arquivo de texto seja baixado muito mais rápido.
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