O primeiro passo será restaurar o IP do usuário correto em seus arquivos de log para que eles mostre o endereço IP do seu usuário em vez do CloudFlare.
Para fazer isso, você pode instalar o Mod_CloudFlare .
Depois de ter feito isso; você pode então instalar o Fail2Ban. Fail2Ban pode então ser configurado para solicitações de limite de taxa do IP Endereços de sua escolha.
O Fail2Ban irá, então, assistir ao seu arquivo de log do Apache, uma vez que ele detecta pedidos excessivos; esses IPs serão banidos usando uma ferramenta de firewall (por exemplo, IPTables). A comunidade do Oceano Digital tem um ótimo tutorial sobre protegendo o Apache com o Fail2Ban .