Isso é bastante comum fora da configuração de caixa para um servidor. T
A expectativa é que a implantação mais comum seja como um servidor de arquivos e, portanto, /home
tende a obter o máximo de espaço.
Se a sua intenção para o servidor for diferente, redimensione as partições de acordo com o tempo de compilação.
Portanto, não, não é um problema como tal, embora possa não ser a estrutura que você procurava.