Você não mostrou o comando exato do seu script e do conteúdo da sua tarefa. Você não disse qual é o seu MYAPP. Especialmente, é GUI ou CUI. Você ainda não mostrou a versão do ConEmu e do sistema operacional. Além disso, nenhuma captura de tela foi anexada.
Sem essa informação crítica, só posso adivinhar que você usou o processo de inicialização de maneira inadequada.
Exemplo:
start-process cmd -nonewwindow -wait