Se eu entendi sua pergunta, você deseja projetar e bater papo com o Lync sem que seja exibido no projetor?
Se você estiver usando um laptop ou um PC com mais de uma saída de vídeo, poderá pressionar Windows + P e clicar em estender, o que dá a você dois desktops. Mova as janelas que você precisa para apresentar em uma área de trabalho e o Lync para a outra,
Se você estiver usando um divisor VGA conectado a um PC, isso não funcionará, pois ainda há uma saída de vídeo dividida em dois monitores diferentes.