A maneira correta de fazer o que você quer é quase sempre usar algum tipo de estágio de implantação.
Para uma configuração puramente interna ou experimental, isso pode ser algo tão simples quanto um script que executa rsync -a --delete ./* /srv/www/htdocs
. (Especificar os arquivos de origem usando ./* reduz o risco de nomes de arquivos incomuns causando problemas durante o processo de cópia.)
Você pode, se necessário, alterar o script de implantação para fazer outras alterações, como: fazer as alterações aplicáveis nos arquivos de configuração, definir propriedade e permissões em arquivos e diretórios, excluir itens que não deveriam estar disponíveis para o servidor web ( .gitignore
anyone?), etc.
Desta forma, o servidor web pode ser configurado sem qualquer consideração específica pelas necessidades do lado do desenvolvimento. Deixe o Eclipse ter as coisas do seu jeito, e deixe o Apache ter as coisas do seu jeito.
Não deve ser muito difícil configurar o Eclipse para executar esse script ao "construir" o software, se você quiser um fluxo de trabalho de solução única.