Se você fizer isso corretamente, você não deve ter problemas para executar o Windows e o Linux na mesma unidade, partição diferente. Não é a melhor ideia, mas funciona.
Ao instalar, certifique-se de formatar apenas as partições relevantes para o seu SO.
Por exemplo, se você quiser o Linux na partição xe o Windows na partição y, ao instalar o Linux, só formate a partição x. Lembre-se que eles usam formatos diferentes.
Se você está tendo problemas com o Grub, apenas use o disco de instalação do Windows e repare a instalação, isso deve funcionar.
Outra sugestão é também desconectar todas as unidades que não são relevantes para o sistema operacional durante a instalação.