Eu tenho meu diretório home backup usando o Git, mas eu tenho tudo ignorado por padrão (e apenas backup dos arquivos que eu especificamente quero).
No entanto, se eu entendi corretamente, o SmartGit interpreta isso como "oh, esses diretórios são ignorados, não varrerei nenhum arquivo neles", mesmo que eles sejam rastreados em outros repositórios do Git.
Eu adicionei esta linha a ~/.smartgit/7.1/smartgit.properties
e corrigi meu problema:
smartgit.filemonitor.excludeIgnoredDirectories=false