Para verificar a integridade dos arquivos após a cópia, recomendo MultiHasher . (Não há problema em recomendar software em uma resposta?) É um design minimalista. Basta arrastar e soltar arquivos / pastas na janela principal e esperar que o hash es seja gerado. Um valor hash é uma string única que muda se e somente se o conteúdo do arquivo for alterado.
Para verificar arquivos copiados em qualquer lugar, você pode usar a solução de linha de comando como:
copy /V C:\abc.exe C:\xyz.exe
O parâmetro /v explicitamente diz ao Windows para verificar se cada arquivo foi copiado para integridade. Eu acho que o Windows é inteligente o suficiente para fazer isso quando você copiar do Explorer, mas, portanto, explicitamente, faça isso com a linha de comando e adicione /v .