Você pode tentar freefilesync para sincronizar dois diretórios. Ele mantém as trilhas da sua estrutura de diretórios em um pequeno arquivo sync.ffs_db nos diretórios de origem e de destino, e sim, ele pode detectar arquivos e diretórios movidos e renomeados e movê-los dentro dos diretórios de origem e de destino e salvar largura de banda de re-sincronização completa.