Eu não posso dizer se o seu SSD é saudável ou não, então não posso julgar se a exclusão de um pacote de arquivos minúsculos deve necessariamente ser tão longa. No entanto, é um fato que copiar e / ou até mesmo remover 4G de arquivos pequenos leva mais tempo do que 4G contendo apenas alguns deles.
Durante essas ações, o SO precisa atualizar / excluir os metadados além dos blocos dos arquivos. Se a indexação for permitida, até os dados do índice devem ser tocados. Quando você manipula arquivos relativamente grandes, você não reconhece quanto tempo leva para administrar o conteúdo do sistema de arquivos, mas quando a diferença não é grande entre o tempo de gravação da meta e os dados reais, o grande volume pode fazer até mesmo um strong homem chorar.
Não vai atrapalhar verificar a integridade do seu disco, mas, quando você estiver trabalhando de novo, recomendo que você desative a indexação onde ela não for realmente necessária e crie um pacote (zip, rar, whatever) dos arquivos e exclua-os regularmente se não precisarem ficar on-line permanentemente.