would a nice wipe of the entire drive do the trick then reinstall windows and install kali the right way?
Se a limpeza da unidade sugerida não for um problema, a reinstalação deve ajudá-lo.
Se você está tentando fazer um sistema de inicialização dupla funcionar, você precisará instalar o GRUB2. Eu fiz isso com o Kubuntu, que oferece para instalá-lo como parte de seu próprio processo de instalação, então você precisa checar se Kali também faz isso.
Pelo menos na minha configuração, eu instalei ambos no mesmo HD físico, então a única coisa que eu precisei fazer durante o processo de instalação foi reduzir a partição do Windows para instalar o Kubuntu no espaço recém-liberado.
Se você estiver usando várias unidades, o processo pode mudar porque uma unidade que você costumava ter como uma unidade de dados agora também pode ser considerada inicializável e ter diferentes sinalizadores definidos em sua MBR / GPT.
Antes de limpar qualquer coisa , você deve considerar o BIOS e a prioridade de inicialização das unidades que você possui. É provável que a unidade Kali apareça antes da sua unidade do Windows, o que não teria sido um problema antes, porque era simplesmente uma unidade de dados sem sinalizadores inicializáveis e sistema operacional nela.