Eu acho que a única opção para desativar o som "não encontrado" no chrome é alterar o "som padrão" no esquema de som do Windows (se estamos falando sobre o sistema operacional Windows), pois ele usa sons do sistema. Veja a captura de tela abaixo.
O problema é que ele desativará esse sistema de som não apenas no Chrome!
Desative o som padrão no Windows no Painel de controle de som da guia "Sons":
