Você teria que descriptografá-lo conhecendo a senha. Se ele foi criptografado com um certificado público, o site da Adobe diz que "o usuário deve descriptografar o documento PDF com a chave pública que corresponde ao certificado (chave privada) que foi usado para criptografar o documento PDF". Tente abri-lo no Adobe Reader ou no Acrobat e veja se ele solicita uma senha.