É possível ter um arquivo de configuração separado apenas para o site ownCloud - o Apache lerá todos os arquivos que foram adicionados na configuração principal usando a diretiva "Incluir" - que normalmente cobrirá todos os arquivos com um ".load" ou ".conf"
Habilite o .htaccess no contêiner Directory no contêiner vhost apropriado para melhor segurança, em seguida, para todos os hosts - para uma segurança ainda melhor, recorte e cole o conteúdo do .htaccess no contêiner vhost e elimine completamente o arquivo .htaccess .
Para que o módulo de reescrita funcione, a diretiva Rewrite precisa estar ativada. Provavelmente, o seu arquivo .htaccess fará isso.
O módulo de reescrita é usado para reescrever o formato dos pedidos, o que, por exemplo, permite que o URL oculte o fato de que ele está realmente executando um arquivo php.