Nunca vi isso ... talvez um capricho. Tente definições explícitas de esquerda / direita.
#IfWinActive ahk_class Notepad
>^a::
<^a::
MsgBox, Ctrl+A press in notepad
return
#IfWinActive
#IfWinActive ahk_class ConsoleWindowClass
>^a:: MsgBox, Ctrl+A pressed in CMD window
#IfWinActive