Abra o aplicativo que tem janelas muito pequenas por padrão - nesse caso, Graphviz, mas deve funcionar para qualquer aplicativo desse tipo. Nas Configurações do Sistema, vá para o Gerenciamento de Janelas - > Regras da Janela. Clique em Novo e, em seguida, clique em Detectar Propriedades da Janela. Em seguida, vá para a guia Tamanho e posição e ative Maximized Horizontally e Maximized Vertically. Clique em OK e, em seguida, em Aplicar. Dependendo da política escolhida quando você ativou Maximizar Horizontalmente e Verticalmente, isso deve abrir todas as novas janelas do mesmo tipo com o tamanho desejado.