The WinSXS folder contains all Windows system components. In fact, component files elsewhere in Windows are just links to files contained in the WinSXS folder. The WinSXS folder contains every operating system file.
Então, sim, você terá que reinstalar.
(Estou curioso em saber como você conseguiu excluir esses arquivos. Essa é uma pasta do sistema, pelo menos alguns deles estariam em uso e levaria algum esforço para que fossem excluídos.)