A maneira normal de fazer isso é nomear o novo módulo com um nome ligeiramente diferente, como alx_fixed.ko, e colocar o original na lista negra. Instruções sobre como lista negra de um módulo pode ser encontrado aqui. link Depois de colocar o novo módulo em / lib / modules / your-kernel-versão / kernel / drivers / net /, você precisa executar o comando "sudo depmod -a" para atualizar a lista de módulos instalados.
Eu duvido que este seja o caso de um driver ethernet, mas alguns módulos são carregados no momento da inicialização, então você pode precisar executar "update-initramfs" também. link
Quanto a onde os módulos vêm, mesmo que você os tenha excluído? Qual versão do kernel você está executando? Tem certeza de que você os excluiu da versão correta do kernel? Em geral, a exclusão de arquivos do sistema é uma má ideia porque pode causar um sistema instável.