Consegui que isso funcionasse com uma etapa adicional. Aqui estava o processo completo, se alguém acertar isso:
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Verifique se a sua unidade clonada está funcionando e se você tem um backup antes de eliminar o disco de origem. faça o seguinte em gparted - eu tive que fazer uso do meu backup, porque em um ponto o Windows tentou "consertar" o problema em si e apenas piorou as coisas.
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exclua todas as partições da unidade antiga
- crie uma nova tabela de partições (acho que essa etapa é fundamental)
- crie sua nova partição ntfs
- reinicializar
Não sei exatamente o que estava acontecendo, mas parecia que, embora eu estivesse inicializando a nova unidade, quando a unidade antiga estava presente (mesmo depois dos passos dados na pergunta), o gerenciador de inicialização de alguma forma viu a antiga drive e janelas do pensamento devem estar nessa unidade (o que obviamente não foi). Depois de seguir os 4 passos acima, eu consegui inicializar o Windows 10 de forma limpa (e rápida) e vi a antiga (agora vazia) unidade pronta para uso.