Se você estiver usando uma CA interna, então sim, está tudo bem; você está criando uma CA intermediária. Você pode precisar incluir a CA intermediária em suas cadeias de certificados, e sua CA raiz interna precisa ser confiável para todos os seus dispositivos internos (implantar por meio da Diretiva de Grupo ou qualquer ferramenta que você use).
Se você estiver usando uma autoridade de certificação externa, não, isso não acontecerá, pois isso quebraria completamente o modelo de confiança da CA existente.