De acordo com a documentação do Mutt (manual.txt), deve ser possível definir uma variável "hidden_host" para "yes" no arquivo de configuração do muttrc:
... When set, mutt will skip the host name part of $hostname variable when adding the domain part to addresses ...
A informação da versão. no User-Agent pode ser suprimido de forma semelhante, definindo a cadeia de cabeçalho do User-Agent via "my_hdr". Por exemplo. Eu faço o seguinte:
send-hook . my_hdr User-Agent: Mutt