Se alguém se deparar com isso, descobri o problema meses depois.
Isso tem a ver com o redimensionamento do gparted e partições fat32. Se você redimensionar uma partição fat32 do gparted dentro do linux, todas aparecem bem - ou seja, todas as partições são montadas corretamente e todos os arquivos são perfeitamente lidos / graváveis. No entanto, assim que você olha para a unidade no Windows, as partições se tornam RAW e você é solicitado a formatar. Então, o gparted tem uma idéia diferente sobre o particionamento do fat32 do que o windows e o 2 não concorda.
Eu resolvi isso fazendo qualquer redimensionamento de fat32 de dentro do windows (bem como um windows vm suficiente) e ambos os sistemas operacionais ficaram satisfeitos.
gparted rocks, mas fede no redimensionamento da partição do Windows. Mesmo mesmo com a última versão do gparted 0.26.