Você pode entrar em várias camadas para isso.
A primeira coisa seria mover todos os arquivos em diretórios diferentes Em seguida, use open_basedir no php para bloquear os diretórios include por vhost. Para torná-lo mais seguro, você pode executar um pool php-fpm por vhost ou usar algo como suPHP para executar o processo php por usuário, permitindo que você bloqueie os diretórios para permitir que apenas esses usuários específicos acessem os arquivos.
Espero que isso faça sentido