Com base nos diagnósticos que você já realizou e no fato de os clientes FTP alternativos estarem funcionando sem problemas, a falha parece estar em sua versão atual do CyberDuck.
O log de alterações para o CyberDuck indica que sua versão (4.1.3 ) foi originalmente lançado em 2011 e houve mudanças significativas em como o programa lida com conexões SFTP desde então. As alterações mais notáveis ocorrem na versão 4.5 .
Embora tenha dito que não deseja atualizar sua versão do CyberDuck, recomendo enfaticamente que você a considere, a versão atual (a partir de 2016-02-01) é 4.7.3 para o OSX. Como alternativa, você pode tentar outro cliente de FTP, como o Filezilla .