Você basicamente não está fazendo as coisas corretamente e quer fazer algo errado. No .NET você pode usar o ClickOnce, que pode fazer isso por você, usando o pacote MSI você pode criar um novo pacote MSI de atualização para atualizar a instalação existente veja aqui como . Essa seria uma abordagem padrão e correta.
No entanto, se você precisar apenas hackear a versão exibida no painel de controle, poderá editar a entrada do aplicativo na seguinte seção do Registro:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall
ou
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Wow6432Node\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\
Lá, você apenas edita o valor da string DisplayVersion
para o que quiser, por qualquer motivo. Mas se o seu MSI instalado for apenas um bootstrapper, não vejo nenhum motivo para hackear seu número de versão exibido.