Eu finalmente encontrei a resposta. Ele veio do comando rsync . Ao transferir um arquivo, o rsync cria um arquivo oculto (começando com ".") E adiciona um sufixo após o nome do arquivo.
Esses arquivos nunca terminaram de ser transferidos corretamente, então eles permaneceram na pasta. Eu tenho vários clientes rsyncing e tocando no arquivo de forma assíncrona, de modo que muito provavelmente desencadeou problemas.
Veja esta resposta para mais explicações: link