As informações parecem um pouco tênues / desatualizadas sobre esse tópico, especificamente quando se trata do motivo pelo qual o comando setxkbmap -option ctrl:swap_lalt_lctl não funciona (também não funciona na ferramenta tweak). Muitas outras opções setxkbmap parecem funcionar bem. Qualquer maneira de fazer isso funcionar?
A solução ~/.Xmodmap é exigente, precisa ser constantemente reaplicada. Isso não deveria ser tão obscuro / difícil, né?