É melhor usar scp
para copiar arquivos entre sua máquina Windows e sua caixa VPS Linux.
scp <fileYouWantToTransfer> <username>@<IP/FQDN>:/<FullURLofTargetLocation>
Exemplo: eu quero mover um arquivo chamado "file1.zip" para o meu diretório home no meu VPS, aqui está o comando:
scp file1.zip [email protected]:/home/root
Você será solicitado a digitar a senha do root.