Eu encontrei esta solução:
mount -t vfat -o iocharset=iso8859-1,shortname=mixed,utf8 /dev/sdb1 /mnt/old32gb
rsync -av --no-g --no-o /mnt/old32gb /mnt/new64gb
Agora os arquivos com umlauts são transferidos e a mensagem de erro chown não aparece mais.