Parece funcionar para mim, o Claws Mail 3.9.3 no XFCE. Depois de ativar a caixa de seleção, abrir um menu e realçar um item de menu com o mouse e então pressionando um botão do teclado (letras experimentais, teclas de função, além de Shift Ctrl Alt - qualquer 1 ou todos os 3) atribui essa letra combo como o novo atalho "on-the-fly".
Aqui está uma captura de tela das opções e o tipo de texto oculto, mas muito útil, no pop-up "Escolher atalhos de teclado predefinidos".
Nãoéissoquevocêestáfazendo?EunãoestouusandooUnity,entãonãopossocompará-lodiretamente,vocêachaqueeleestá"roubando" as teclas pressionadas? Algum dos atalhos de teclado funciona quando não há menus abertos?