Você deve fazer uma instalação básica em uma VM virtualbox e usar apt-clone para copiar os pacotes e o estado do sistema de pacotes do sistema existente para a VM. Isso ajudará ao testar atualizações, etc.
Toda a configuração, tanto quanto o Debian está em questão, está em /etc/ . Diretórios base, claro, estão abaixo de /home/ .