Sim, uma partição criptografada para armazenamento / dados é segura, se você usar um bom programa como o dm-crypt / LUKS.
Uma pasta pessoal criptografada também é segura, o uso do eCryptFS é bem testado e a maioria dos disros pode usá-lo bem.
Não será um total segredo que haja dados criptografados, mas serão dados ilegíveis. Apenas não armazene sua senha em um arquivo não criptografado em qualquer lugar, não esqueça, e faça BACKUPS das chaves / cabeçalho / dados .