Eu não acho que seja possível. As legendas são armazenadas no arquivo mkv
como anexos, e elas são localizadas próximas ao início do arquivo, antes dos dados de áudio / vídeo:
[EBML head] [segment {meta seek #1} [segment information] [track information] {attachments} {chapters} [cluster 1] {cluster 2} ... {cluster n} {cues} {meta seek #2} {tags}]
Quando você insere um novo conteúdo em um arquivo, tudo que passa pelo ponto de inserção precisa ser sobrescrito para acomodar novos dados.