Se você quiser alterar o tipo de sistema de arquivos, precisará usar uma ferramenta como rsync ou tar ou fsarchiver . A principal coisa que eu acho que é para você considerar a possibilidade de encontrar um sistema de backup diferente do que usar rsync e usando links físicos.
O problema é que os hard links e o uso de diretórios duplicados para backups incrementais é uma estrutura de dados muito ineficiente para armazenar informações de backup. Esta é uma das razões pelas quais usar rsync para copiar todos esses backups é lento e doloroso. Isso também significa que usar fsck para realizar uma verificação de consistência vai exigir muita memória para garantir que a contagem de links para todos os arquivos ocupe uma grande quantidade de memória - pela mesma razão que rsync , tar , fsarchiver , etc., exigirá uma grande quantidade de memória.