how can I stop them from viewing my desktop and files?
O VNC é configurado por padrão para que primeiro peça ao usuário para permitir o acesso. Isso significa que você obterá um pop-up e a sessão compartilhada será iniciada apenas se você permitir isso explicitamente.
Mas o mais importante: a TI simplesmente não pode olhar sem perguntar. Obviamente, as regras variam por país, mas em geral elas entrarão em contato com você (ou você as telefona para relatar algum problema e pedir ajuda). Somente depois disso, eles informarão que estão iniciando uma conexão com o sistema e, mesmo assim, você geralmente terá que clicar em um pop-up para permitir isso.
they could monitor .... and files.
Quanto aos arquivos de monitoramento: o Windows sai da caixa com os compartilhamentos administrativos ativados. As mesmas regras se aplicam. Nenhum monitoramento por padrão, a menos que haja boas razões. (por exemplo, em um cassino, onde isso pode ser explicitamente declarado em seu contrato ou em regras específicas de TI e que você precisa assinar para confirmar que você sabe disso. Ou quando a fraude é strongmente suspeita e a gerência o ordena.)