Depende do que você quer fazer. Todos os DEs (KDE, Gnome, ...) fornecem maneiras de executar programas no início, por exemplo, no KDE, você pode colocar um executável em /home/YourName/.kde/Autostart . Isso é bom o suficiente para mim, os detalhes para você dependem do seu DE.
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Como sugerido por @grawity no comentário a seguir, existe um método válido para todos os DEs, que é colocar o executável em /home/YourName/.config/autostart .
Como alternativa, você pode colocar um arquivo executável em /etc/X11/Xsession.d e isso será executado para todos os usuários do seu sistema; para a maioria das pessoas isso é tão bom quanto as soluções acima, já que são os únicos usuários de seu laptop / desktop / qualquer ... Apenas lembre de dar a este arquivo um nome começando com 99z , para que seja executado por último: o outros arquivos no diretório precisam ser executados antes dos scripts personalizados.