Resposta encontrada.
Ao ativar as opções aqui:
Control Center > Window Preferences > Behavior (tab) > Select windows when the mouse moves over them .
No linux mint mate 17.2 quando uma janela está ativa e clico em outro aplicativo na barra de tarefas, devo clicar novamente no aplicativo para obter foco.
Por exemplo, o chrome é uma janela ativa e clico no editor de atom na barra de tarefas para ativá-lo. Quando eu começo a digitar, nada será escrito porque o átomo ainda não está ativo e eu devo clicar na barra de título do átomo para ativá-lo.
Existe uma maneira de corrigir isso?
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