Como instalar pacotes Rsubread, Edge R e limma no R no Cygwin?

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Sou novo no Cygwin e quero instalar três pacotes chamados Rsubread EdgeR e limma in R no Cygwin. Eu digitei R no console do Cygwin e, uma vez no ambiente R, instalei os pacotes como:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("Rsubread")

Mas uma vez que eu terminei a instalação, eu não consigo carregar o pacote usando a biblioteca ( Rsubread ) e isso me dá que não existe um pacote chamado Rsubread .

Alguma ideia do problema?

Muito obrigado pela ajuda

    
por hamid 26.11.2015 / 02:38

1 resposta

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o seguinte é de um rascunho-manuscrito. Funcionou no passado, mas uma atualização recente do Rsubread parece causar problemas (consulte minha pergunta sobre o biocondutor ). Bem, se você usar a versão correta do R / Biocondutor, deve funcionar. E espero que o problema atual seja consertado no futuro.

Faça o download do instalador do Cygwin e inicie a configuração. Percorra a caixa de diálogo até que você possa selecionar os pacotes que gostaria de instalar. Selecione os seguintes pacotes além do que é por padrão selecionado (para as bibliotecas que terminam em "-devel", verifique se a versão sem "-devel" também está selecionada).

  • Arquivo:
    • libbz2-devel: arquivo BZip de / compressor
  • Devel:
    • gcc-core: Coleção de compiladores GNU (C, OpenMP)
    • gcc-g ++: Coleção de compiladores GNU (C ++)
    • gcc-fortran: Coleção de compiladores GNU (Fortran)
    • make: A versão GNU do utilitário 'make'
  • Libs:
    • libcurl-devel: Biblioteca de transferência de arquivos multiprotocolo (desenvolvimento)
    • libiconv-devel: implementação Unicode iconv ()
    • libicu-devel: Componente de Internacionalização da IBM para Unicode
    • libintl-devel: biblioteca de tempo de execução de internacionalização GNU
    • liblzma-devel: biblioteca LZMA de / compressor (desenvolvimento)
    • libpcre-devel: Desenvolvimento de biblioteca de expressões regulares compatíveis com Perl
    • libtirpc-devel: Uma porta da biblioteca RPC independente de transporte da Sun
    • libxml2-devel: biblioteca XML do GNOME (desenvolvimento)
    • zlib-devel: biblioteca Gzip de / compression (desenvolvimento)
  • Ciência:
    • R: R Linguagem de computação estatística

Depois de concluir a instalação do Cygwin, inicie o Cygwin, digite "R" e pressione Enter para iniciar um console R. Pelo menos para o alinhamento das leituras curtas (ou seja, uso de Rsubread), você precisa usar este console. Observe que os pacotes instalados no console Cygwin R não estão disponíveis para nenhuma outra instalação R nativa (por exemplo, R instalado com o instalador disponível em cran.r- project.org ).

E bem - isso deve ficar claro, para instalar o Rsubread no Cygwin-R:

source("THE BIOCONDUCTOR LINK - yes, I'm not allowed to post more than 2 links")
biocLite()
biocLite("Rsubread")

Com os passos acima, estes pacotes funcionarão também:

biocLite(c("SRAdb", "Rsamtools", "biomaRt", "DESeq2", "edgeR", "limma"))
    
por 20.06.2016 / 16:40

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