o seguinte é de um rascunho-manuscrito. Funcionou no passado, mas uma atualização recente do Rsubread parece causar problemas (consulte minha pergunta sobre o biocondutor ). Bem, se você usar a versão correta do R / Biocondutor, deve funcionar. E espero que o problema atual seja consertado no futuro.
Faça o download do instalador do Cygwin e inicie a configuração. Percorra a caixa de diálogo até que você possa selecionar os pacotes que gostaria de instalar. Selecione os seguintes pacotes além do que é por padrão selecionado (para as bibliotecas que terminam em "-devel", verifique se a versão sem "-devel" também está selecionada).
- Arquivo:
- libbz2-devel: arquivo BZip de / compressor
- Devel:
- gcc-core: Coleção de compiladores GNU (C, OpenMP)
- gcc-g ++: Coleção de compiladores GNU (C ++)
- gcc-fortran: Coleção de compiladores GNU (Fortran)
- make: A versão GNU do utilitário 'make'
- Libs:
- libcurl-devel: Biblioteca de transferência de arquivos multiprotocolo (desenvolvimento)
- libiconv-devel: implementação Unicode iconv ()
- libicu-devel: Componente de Internacionalização da IBM para Unicode
- libintl-devel: biblioteca de tempo de execução de internacionalização GNU
- liblzma-devel: biblioteca LZMA de / compressor (desenvolvimento)
- libpcre-devel: Desenvolvimento de biblioteca de expressões regulares compatíveis com Perl
- libtirpc-devel: Uma porta da biblioteca RPC independente de transporte da Sun
- libxml2-devel: biblioteca XML do GNOME (desenvolvimento)
- zlib-devel: biblioteca Gzip de / compression (desenvolvimento)
- Ciência:
- R: R Linguagem de computação estatística
Depois de concluir a instalação do Cygwin, inicie o Cygwin, digite "R" e pressione Enter para iniciar um console R. Pelo menos para o alinhamento das leituras curtas (ou seja, uso de Rsubread), você precisa usar este console. Observe que os pacotes instalados no console Cygwin R não estão disponíveis para nenhuma outra instalação R nativa (por exemplo, R instalado com o instalador disponível em cran.r- project.org ).
E bem - isso deve ficar claro, para instalar o Rsubread no Cygwin-R:
source("THE BIOCONDUCTOR LINK - yes, I'm not allowed to post more than 2 links")
biocLite()
biocLite("Rsubread")
Com os passos acima, estes pacotes funcionarão também:
biocLite(c("SRAdb", "Rsamtools", "biomaRt", "DESeq2", "edgeR", "limma"))