O TrueCrypt funciona bem e é compatível com várias plataformas. Eu ainda o uso para contêineres de arquivos criptografados.
Sim, eu sei que há preocupações sobre sua segurança "real" e o desenvolvimento parou, mas ainda é (uma das) as melhores que eu já vi.
Existem também outros muito parecidos, mas eu não tenho muita experiência com eles. Tal como AxCrypt.