Sequência de inicialização do Windows NT6 (Vista e posterior):
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Primeiro disco de todos os discos que tem uma partição ativa (a ordem dos discos é dada pela conexão ou pelo BIOS).
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Código de disco MBR encontrado no parágrafo 1.
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Código de inicialização de partição da partição ativa (do disco encontrado no parágrafo 1.)
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bootmgr na partição ativa.
O Boot Configuration Data (BCD) é carregado (a partir da partição ativa).
.... e assim por diante.
Como corrigir a inicialização do WS2012: (não anexe o disco do WS2008!)
A) Reescreva o MBR e o PBR do disco com o WS2012 usando a mídia de instalação do WS2012 - comando
bootsect.exe /nt60 all /mbr
B) Em seguida, verifique se você tem uma partição ativa no disco com WS2012 (qualquer partição primária pode ser ativada - eventualmente há uma pequena partição "System Reserved" menor que 1 GB). (Esta etapa pode ser feita com qualquer ferramenta de disco, também do WS2008 usando o Gerenciamento de Disco se você não tiver certeza com os comandos do diskpart ou usar um Live CD / USB do Linux, por exemplo).
C) Em seguida, corrija o BCD com o comando
bcdboot W:\windows /s S:
W: é a letra da unidade na qual o WS2012 está instalado, S: é a partição ativa. Altere letras para refletir os mapeamentos de suas partições de disco.