O comando deve ser:
xrandr --output VGA1 --mode 1280x1024 -r 60.02
Não há necessidade de especificar a exibição se você já estiver especificando o monitor.Além disso, você realmente deseja especificar a resolução e taxa de atualização para o monitor, não para a tela, que é a origem de seus problemas ...
because I'm blindly forcing resolution for all monitors
Além disso, o xrandr não faz parte do X11, então você pode colocar esse ommand onde quiser, em /etc/rc.local, em um arquivo crontab a ser executado na inicialização,
@reboot /path/to/xecutable/script/containing/xrandr