Eu apenas quis dizer isso como uma idéia / conceito, o que realmente se aplica mais apropriadamente para mover arquivos e o fato de que você não pode copiar Permissões quando você usa o copy.exe. Eu não estou insinuando que você está alterando os arquivos de origem. Eu estava apenas tentando apontar você na direção certa, tanto quanto pensar em razões pelas quais isso pode estar acontecendo.
A raiz da unidade C é tratada de forma diferente da maioria das outras áreas do computador, no que diz respeito às permissões. Você pode assumir o controle disso, mas no final, quem realmente é o dono? O sistema e não você e isso se aplica mais se você tomar ações em arquivos do sistema. Por exemplo, se você executar uma atualização ou alguma correção de MS ou até mesmo um aplicativo de terceiros, suas permissões podem ser removidas.
Você deve esperar obter este aviso ao copiar arquivos do sistema e operar em pastas que não sejam de usuário.
Se eu encontrar um bom artigo, postarei. Desculpe, eu deletei a referência do artigo.