Consegui obter este 1/2 trabalhando com o script mencionado no wiki .
Adicione isso ao seu arquivo phpstorm.sh
:
#!/bin/sh
#
# ---------------------------------------------------------------------
# PhpStorm startup script.
# ---------------------------------------------------------------------
#
IRONIC_WM_NAME="Sawfish"
NET_WIN=$(xprop -root _NET_SUPPORTING_WM_CHECK | awk -F "# " '{print $2}')
if [[ "$NET_WIN" == 0x* ]]; then
# xprop cannot reliably set UTF8_STRING, so we replace as string.
# fortunately, jdk is OK with this, but wm-spec says use UTF8_STRING.
xprop -id "$NET_WIN" -remove _NET_WM_NAME
xprop -id "$NET_WIN" -f _NET_WM_NAME 8s -set _NET_WM_NAME "$IRONIC_WM_NAME"
else
# even if we're not net compatible, do java workaround
xprop -root -remove _NET_WM_NAME
xprop -root -f _NET_WM_NAME 8s -set _NET_WM_NAME "$IRONIC_WM_NAME"
fi
Isso corrigiu a maior parte do problema para mim, mas ainda tenho um problema em que o menu está abrindo na tela errada.