(Ah ... eu acho que o JabRef oferece uma opção para tornar isso possível.)
No JabRef, selecione no menu Options - Preferences
. Em seguida, vá para a guia "Avançado", na seção File dialog
, e marque a opção Use native file dialog
. Em seguida, o JabRef usará a caixa de diálogo do arquivo nativo (no meu caso, a caixa de diálogo GTK +), que pode alternar a exibição de arquivos ocultos no menu do botão direito do mouse.
Para aplicativos Java gerais, como @michael_n apontado nos comentários, os aplicativos precisam ativar a exibição de arquivos ocultos no seletor de arquivos.