Remover duplicados mantém / remove registros com base em sua posição na coluna. Para cada valor único, o registro que aparece primeiro (maior para cima) na coluna será mantido e as duplicatas subseqüentes serão excluídas.
Eu suspeito que a primeira vez que você usou isso, seus dados foram classificados por data do mais antigo para o mais recente, por isso, ele se comportou como você queria. Algum tempo depois disso, seus dados, por qualquer motivo, não foram mais ordenados por data.
Para garantir que Remover duplicados funcione como você deseja, apenas certifique-se de classificar seus dados por data, do mais antigo para o mais recente, antes de usar Remover duplicados.