Uma razão pela qual isso pode acontecer é se você estava usando o filtro automático (filtro, não classificar) na pasta de trabalho original quando o salvou.
O Excel parece ser da opinião de que, se a tabela original for X por X grande, a tabela resultante na nova pasta de trabalho também deverá ser X por X grande. Mas, se alguns valores estiverem ocultos na pasta de trabalho original, o Excel nem sempre os carregará. Isso significa que a tabela resultante não será mais X por X grande. Se isso acontecer, talvez você descubra que o Excel descobre sozinho que pode apenas duplicar entradas existentes até que a tabela tenha o mesmo tamanho que a original.
Assim, a tabela na pasta de trabalho original teria, na verdade, a seguinte aparência:
A1: ABC
A2: 111
A3: CDE
A4: 111
Se você autofilter para não mostrar os valores 111 e salvar a pasta de trabalho, quaisquer atualizações na tabela agora podem resultar no cenário descrito na pergunta.
Resumindo: sempre restaure os filtros antes de salvar uma pasta de trabalho que é a fonte de uma conexão de dados.