Sua VPN terá uma configuração (você não disse qual VPN está usando) para configurá-la como o gateway padrão ou não do lado do cliente.
Se você empurrar o gateway padrão: todo o tráfego passa por VPN Se você não enviar o gateway padrão: somente o tráfego destinado à outra rede (onde o compartilhamento SMB está) passará por VPN
Dependendo dos dados, você também pode poupar tempo ao compactá-lo no servidor antes de sua cópia ser iniciada. Nesta situação, o tempo de CPU é muito menos escasso do que a largura de banda.